Por Jauja pasa el río Genil, que es un río del sur de España, en la Andalucía Oriental y central. Es el segundo río de Andalucía, tras el Guadalquivir, del que es afluente. Nace en la provincia de Granada con la unión del río Real y del Guarnón y desemboca en el término municipal de Palma del Río por la margen izquierda en el Guadalquivir. El río Genil tiene su origen en la laguna de la Mosca, sita bajo la cara norte del Mulhacén y allí donde nace se le conoce con el nombre de río Valdecasillas. Éste, a su vez, recibe por la derecha al río Valdeinfierno y, a partir de ahí, esta confluencia pasa a llamarse río Real. Al recibir éste más adelante al río Guarnón, que desciende desde el Corral del Veleta, es cuando dicho río pasa ya a denominarse Genil, convirtiéndose en el afluente más importante del Guadalquivir.
Por todo ello, puede afirmarse no sólo que las aguas del Genil provienen de las cumbres de los dos picos más elevados de Granada, a saber, el Mulhacén (3.482 msnm) y el Veleta (3.392 msnm), separados entre ellos por varios kilómetros, sino también que este gran río procede de la unión de una serie de pequeños ríos de montaña que, en su conjunto y con diversos apelativos locales, conforman su cabecera.
Sus afluentes más importantes por caudal y extensión son el río Cubillas con cabecera en los manantiales de Deifontes, y el río Cacin, con cabecera en la Sierra de la Almijara. Otros afluentes del Genil son los ríos Beiro, Monachil, Aguas Blancas, Darro y Dílar.
El río Genil pasa por las ciudades de Granada, Loja, Puente Genil, y Écija, desembocando al Guadalquivir en Palma del Río. Contiene dos grandes embalses, el de Iznajar y el de Cordobilla, además de otros menores en la cabecera de su cuenca. En concreto refiriéndonos a la provincia de Córdoba, el Genil entra por el término municipal de Iznájar, al sur de la misma, formando el embalse del mismo nombre. Luego pasa cerca de Benamejí y Palenciana y antes de atravesar Puente Genil forma los embalses y espacios naturales de Malpasillo y de Cordobilla, éste último a su paso por Jauja. Posteriormente entra en la provincia de Sevilla, pasando por Badolatosa, cruza Écija y vuelve a entrar en Córdoba hasta llegar a Palma del Río, donde desemboca en el Guadalquivir. Siendo sus afluentes más destacados en esta provincia, el río de las Yeguas, el río Anzur, y el río Cabra.
La cuenca hidrográfica del Genil, dependiente de la cuenca hidrográfica del Guadalquivir, abarca 8.278 Km2 y una longitud de más de 300 km, comprendiendo las provincias de Granada,Jaén, Málaga y Córdoba.
El origen etimológico de su nombre deriva del termino latino Singilis, como una ciudad homónima, presenta el 'ili' claramente turdetano-sud-ibérico (Iliberis, Ilurco,Ilipula) aunque en posición final (como tagili-tíjola).
Los árabes lo transcribieron como Sinyil, Sannil y Sinnil, éste último nombre (Sin=Mil, Nil=Nilo) poetizado en alusión a los numerosos afluentes que recibe de Sierra Nevada y que, en su confluencia con la Vega de Granada, nada tenía que envidiar al río Nilo. Posteriormente se llamó Guad al-Xenil para derivar a su forma traducida actual, río Genil.
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